Java ist eine eigenständige Programmiersprache und JavaScript eine objektorientierte Scriptsprache.
Für die IMs reicht eigentlich JavaScript, kann aber auch Browserabhängig sein, deswegen versuch mal ob es mit aktiviertem Java funktioniert.
Was mir noch eingefallen ist... Solltet ihr Windows XP nutzen, kann es auch mit einem Windows-Update zusammenhängen, das die Java Virtual Machine zerschossen hat und diese nun neu installiert werden muß... kann manchmal leider vorkommen.
Das würde sowohl das Popup-Problem bei den PNs, als auch bei den IMs erklären.
Oder noch eine Möglichkeit wäre, wenn ihr in eurem Browser eine Toolbar (z.B. die Google-Toolbar) eingebunden habt, die haben oft einen eigenen Popup-Blocker...